金槍魚肽從金槍魚這種深海魚類身上提取，屬于動物肽，它與植物肽的明顯的區別之一是它們提取的對象不同。另外，還有以下三方面不同：
1.在氨基酸組成與數量上存在差異
動物肽一般含有人體所需的8種氨基酸，與人類的營養結構比較吻合；這是植物肽所不能比擬的，原因是植物蛋白缺乏免疫球蛋白，谷物缺乏賴氨酸等，所以當它被分解為肽的時候也會缺乏對應的一些物質。
2.人體吸收方面的不同。動物肽含有人體必需而自己又無法合成的8種氨基酸及鈣、鎂、鐵、銅、鍶、鋅等微量元素，能充分滿足人體的不同需要。金槍魚肽作為動物肽，它可以直接被人體吸收，不用消耗人體能量，這對于一些腸道消化不好，病后術后等人群來說是一種非常好的直接營養補充劑。這方面，植物肽也是無法達到的。
3.從優勢方面來看，動物肽的靶向效應比植物肽要好，有研究表明，動物的不同器官所含的小分子活性肽的種類、數量是不同的，心臟所含有的活性肽主要對心臟產生作用，而肝臟所含的活性肽主要對肝臟產生作用。因此，金槍魚肽作為動物肽，也具有這方面的優勢。